Kerkgebouwen
De CGK Groningen is georganiseerd rond twee kerkgebouwen De Jeruzalemkerk (centrum Groningen) en De Maranathakerk (Groningen Zuid).
Kerkenraad en Moderamen
Per kerkgebouw is er een kerkenraad die verantwoordelijk is voor de geestelijke zorg van gemeenteleden en voor materiele hulpverlening. Gezamenlijk zijn de kerkenraden eindverantwoordelijk voor het bestuur van de gemeente. Uit elke kerkenraad is een ouderling afgevaardigd in het moderamen.
Taakgroepen
Het dagelijks bestuur van de gemeente is door de kerkenraad in handen gelegd van het Moderamen en taakgroepen. Het Moderamen is verantwoordelijk voor het functioneren van de 5 taakgroepen Missionair, Jeugd, Kringen, Communicatie en Beheer en voor het Kerkelijk Bureau.
Kerkteam
Bij de organisatie van de kerkdiensten worden de kerkenraden ondersteund door het kerkteam. Het kerkteam zorgt voor de organisatie van o.a. de muzikale begeleiding, beeld en geluid tijdens de diensten.