Federatieve gemeente
CGK Groningen en NGK Haren vormen een federatieve gemeente. De gemeente is georganiseerd rond drie kerkgebouwen De Jeruzalemkerk (centrum Groningen), De Maranathakerk (Groningen Zuid) en De Hoeksteen (Haren).
Kerkenraad en Raad van Oudsten
Per kerkgebouw is een kerkenraad die verantwoordelijk is voor de geestelijke zorg van gemeenteleden en voor materiele hulpverlening. Gezamenlijk zijn de kerkenraden eindverantwoordelijk voor het bestuur van de gemeente.
Uit elke kerkenraad is een ouderling afgevaardigd in de Raad van Oudsten. De Kerkenraad heeft een paar taken zoals vertegenwoordiging op classis en synode vergaderingen bij de Raad van Oudsten neergelegd.
Kerkbestuur en taakgroepen
Het dagelijks bestuur van de gemeente is door de kerkenraad in handen gelegd van het Kerkbestuur. Het Kerkbestuur is verantwoordelijk voor het functioneren van de 5 taakgroepen Missionair, Jeugd, Kringen, Communicatie en Beheer en voor het Kerkelijk Bureau.
Kerkteams
Bij de organisatie van de kerkdiensten worden de kerkenraden ondersteund door de kerkteams. De kerkteams zorgen voor muzikale begeleiding, beeld en geluid tijdens de diensten.